A pesar de que el tiempo es tan solo un factor, puede influir mucho en tus planes de viaje, especialmente si planeas quedarte un período largo en Juayúa. Por lo general, los meses más cálidos son marzo y abril, con una temperatura promedio de 26 °C, mientras que los meses más fríos son enero y diciembre, con un promedio de 25 °C. Los meses más lluviosos en Juayúa son septiembre, junio, octubre y agosto, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 324 mm.