A pesar de que el tiempo es tan solo un factor, puede influir mucho en tus planes de viaje, especialmente cuando planeas quedarte un período largo en Francisco Fajardo. Por lo general, los meses más cálidos son septiembre y octubre, con una temperatura promedio de 28 °C, mientras que los meses más fríos son febrero y enero, con un promedio de 26 °C. El promedio de precipitaciones anuales en Francisco Fajardo es de 452 mm.